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かつての公益法人（社団法人・財団法人、現在の特例民法法人）は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行日である平成２０年１２月１日から５年間の移行期間内に行政庁に、公益社団法人又は公益財団法人への移行の認定の申請をするか、それぞれ一般社団法人又は一般財団法人への移行の認可の申請をする必要があります。（合併による消滅、解散を除く）

その際、公益法人が所有する土地建物などの不動産登記の変更手続きはどうすればいいでしょうか？その手続きは以下のようになります。

１）特例民法法人→公益社団法人・公益財団法人　の場合

目　　的　　登記名義人名称変更
原　　因　　平成　　年　　月　　日名称変更
登録免許税　非課税
添付書類　　「名称変更し、移行したことにより設立」とする記載のある
　　　　　　移行後の公益社団法人又は公益財団法人の登記事項証明書

２）特例民法法人→一般社団法人・一般財団法人　の場合

目　　的　　登記名義人名称変更
原　　因　　平成　　年　　月　　日名称変更
登録免許税　非課税
添付書類　　「名称変更し、移行したことにより設立」とする記載のある
　　　　　　移行後の公益社団法人又は公益財団法人の登記事項証明書

（平成２０年１１月２６日付け法務省民二第３０４２号法務局長、地方法務局長あて民事局長通達）

どちらも同じなんですね。
一般社団法人・一般財団法人に移行した元特例民法法人にとっては最後の登録免許税の非課税かもしれませんね。
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